征地补偿争议的发生大多是对补偿的不能达成一致，就“农村土地征地拆迁补偿争议管辖法院”问题大多是无法确定应由被告所在地的人民法院管辖，还是由发生争议的标的所在地的人民法院所引起的纠纷。
从法律层面上讲
涉及不动产物权的诉讼应当由不动产所在地人民法院管辖，包括拆迁许可案件、拆迁裁决案件以及与拆迁有关的行政强制、行政处罚案件;对不涉及不动产物权，仅针对征地拆迁过程中相关行政主体作出的具体行政行为提起的诉讼，应当按照《中华人民共和国行政诉讼法》第十七条之规定确定管辖法院，如对立项、规划等拆迁许可前置具体行政行为不服所提起的诉讼。
首先，从我国法律设立地域管辖的目的来看：
不动产专属管辖制度设立的目的：
1、为了方便诉讼；
2、为了合理分配司法资源，避免案件数量悬殊。
不涉及不动产物权：
1、仅针对征地拆迁过程中相关行政主体作出的具体行政行为提起的诉讼，无需从方便诉讼的角度出发由不动产所在地法院管辖;
2、一旦我们不加区分的将所有征地拆迁案件都认定为“因不动产提起的行政诉讼”，而由不动产所在地人民法院管辖管辖，也有违合理分配司法资源的初衷。
参照《最高人民法院关于国有资产产权管理行政案件管辖问题的解释》之规定，“产权界定行为直接针对不动产作出的，由不动产所在地人民法院管辖。产权界定行为针对包含不动产在内的整体产权作出的，由最初作出产权界定的行政机关所在地人民法院管辖。”这里也对不动产属地管辖的情形做出了区分。
民事诉讼法制度上关于“不动产专属管辖”的规定：
《民事诉讼法》第三十四条第一款规定“因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖”，但是也未明确就何为“因不动产纠纷提起的诉讼”作出界定。但2005年1月1日施行的《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第二十四条之规定，实质上认可了建设工程施工合同纠纷案件并不属于《民事诉讼法》规定的不动产专属管辖的范围，突破了“由不动产引起的所有案件均适用属地管辖的原则”。而且，在域外司法实践中，不动产属地管辖一般明确限定为“不动产物权案件”，法国、德国以及我国台湾地区都有类似规定。
依照2008年2月1日起正式施行的《最高人民法院关于行政案件管辖若干问题的规定》第一条第一款之规定，被告为县级以上人民政府的第一审行政案件，除以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件外，应当由中级人民法院管辖。而中级人民法院将本案移交下级人民法院审判的依据是《中华人民共和国行政诉讼法》第二十三条第一款的规定。
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